Index

A

Alexnet (class in bob.med.tb.models.alexnet)

avg (bob.med.tb.utils.measure.SmoothedValue property)

B

backward() (bob.med.tb.utils.grad_cams.BaseWrapper method) base_measures() (in module bob.med.tb.utils.measure) BaseWrapper (class in bob.med.tb.utils.grad_cams) bayesian_measures() (in module bob.med.tb.utils.measure) beta_credible_region() (in module bob.med.tb.utils.measure) bob.med.tb.configs.datasets module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_0_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_1_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_2_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_3_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_4_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_5_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_6_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_7_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_8_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_9_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.indian.default module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_0_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_1_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_2_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_3_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_4_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_5_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_6_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_7_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_8_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_9_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.indian.rgb module bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.default module bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.default module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_0_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_1_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_2_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_3_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_4_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_5_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_6_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_7_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_8_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_9_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.default module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_0_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_1_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_2_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_3_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_4_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_5_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_6_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_7_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_8_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_9_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_pc.default module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_pc.rgb module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_pc_RS.default module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.default module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.default module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.default module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_0_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_1_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_2_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_3_rgb module

bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_4_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_5_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_6_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_7_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_8_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_9_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.rgb module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.default module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.nih_cxr14_re.cardiomegaly_idiap module bob.med.tb.configs.datasets.nih_cxr14_re.default module bob.med.tb.configs.datasets.nih_cxr14_re.idiap module bob.med.tb.configs.datasets.nih_cxr14_re_pc.idiap module bob.med.tb.configs.datasets.padchest.cardiomegaly_idiap module bob.med.tb.configs.datasets.padchest.idiap module bob.med.tb.configs.datasets.padchest.no_tb_idiap module bob.med.tb.configs.datasets.padchest.tb_idiap module bob.med.tb.configs.datasets.padchest.tb_idiap_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.padchest_RS.tb_idiap module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.default module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_0_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_1_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_2_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_3_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_4_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_5_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_6_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_7_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_8_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_9_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.rgb module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.default module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_0_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_1_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_2_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_3_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_4_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_5_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_6_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_7_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_8_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_9 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_9_rgb module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_0 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_1 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_2 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_3 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_4 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_5 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_6 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_7 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_8 module bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_9 module bob.med.tb.configs.models.alexnet module bob.med.tb.configs.models.alexnet_pretrained module bob.med.tb.configs.models.densenet module bob.med.tb.configs.models.densenet_pretrained module bob.med.tb.configs.models.logistic_regression module bob.med.tb.configs.models.pasa module bob.med.tb.configs.models.signs_to_tb module bob.med.tb.configs.models_datasets.densenet_rs module bob.med.tb.data.dataset module bob.med.tb.data.hivtb module bob.med.tb.data.hivtb_RS module bob.med.tb.data.indian module bob.med.tb.data.indian_RS module bob.med.tb.data.loader module bob.med.tb.data.montgomery module bob.med.tb.data.montgomery_RS module bob.med.tb.data.nih_cxr14_re module bob.med.tb.data.padchest module bob.med.tb.data.padchest_RS module bob.med.tb.data.sample module bob.med.tb.data.shenzhen module bob.med.tb.data.shenzhen_RS module bob.med.tb.data.tbpoc module bob.med.tb.data.tbpoc_RS module bob.med.tb.data.transforms module bob.med.tb.data.utils module bob.med.tb.engine module bob.med.tb.engine.evaluator module bob.med.tb.engine.predictor module bob.med.tb.engine.trainer module bob.med.tb.models module bob.med.tb.models.alexnet module bob.med.tb.models.densenet module bob.med.tb.models.densenet_rs module bob.med.tb.models.logistic_regression module bob.med.tb.models.normalizer module bob.med.tb.models.pasa module bob.med.tb.models.signs_to_tb module bob.med.tb.utils module bob.med.tb.utils.checkpointer module bob.med.tb.utils.grad_cams module bob.med.tb.utils.measure module bob.med.tb.utils.resources module bob.med.tb.utils.summary module build_alexnet() (in module bob.med.tb.models.alexnet) build_densenet() (in module bob.med.tb.models.densenet) build_densenetrs() (in module bob.med.tb.models.densenet_rs) build_logistic_regression() (in module bob.med.tb.models.logistic_regression) build_pasa() (in module bob.med.tb.models.pasa) build_signs_to_tb() (in module bob.med.tb.models.signs_to_tb)

C

check() (bob.med.tb.data.dataset.CSVDataset method) (bob.med.tb.data.dataset.JSONDataset method) Checkpointer (class in bob.med.tb.utils.checkpointer)

copy() (bob.med.tb.data.utils.SampleListDataset method) cpu_constants() (in module bob.med.tb.utils.resources) cpu_log() (in module bob.med.tb.utils.resources) CSVDataset (class in bob.med.tb.data.dataset)

D

data (bob.med.tb.data.sample.DelayedSample property) dataset (in module bob.med.tb.data.hivtb) (in module bob.med.tb.data.hivtb_RS) (in module bob.med.tb.data.indian) (in module bob.med.tb.data.indian_RS) (in module bob.med.tb.data.montgomery) (in module bob.med.tb.data.montgomery_RS) (in module bob.med.tb.data.nih_cxr14_re) (in module bob.med.tb.data.padchest) (in module bob.med.tb.data.padchest_RS) (in module bob.med.tb.data.shenzhen) (in module bob.med.tb.data.shenzhen_RS) (in module bob.med.tb.data.tbpoc) (in module bob.med.tb.data.tbpoc_RS)

DelayedSample (class in bob.med.tb.data.sample) Densenet (class in bob.med.tb.models.densenet) DensenetRS (class in bob.med.tb.models.densenet_rs)

E

ElasticDeformation (class in bob.med.tb.data.transforms)

F

forward() (bob.med.tb.models.alexnet.Alexnet method) (bob.med.tb.models.densenet.Densenet method) (bob.med.tb.models.densenet_rs.DensenetRS method) (bob.med.tb.models.logistic_regression.LogisticRegression method) (bob.med.tb.models.normalizer.TorchVisionNormalizer method) (bob.med.tb.models.pasa.PASA method) (bob.med.tb.models.signs_to_tb.SignsToTB method) (bob.med.tb.utils.grad_cams.BaseWrapper method)

G

GB (in module bob.med.tb.utils.resources) generate() (bob.med.tb.utils.grad_cams.BaseWrapper method) (bob.med.tb.utils.grad_cams.GradCAM method) get_centered_maxf1() (in module bob.med.tb.utils.measure)

get_positive_weights() (in module bob.med.tb.configs.datasets) get_samples_weights() (in module bob.med.tb.configs.datasets) gpu_constants() (in module bob.med.tb.utils.resources) gpu_log() (in module bob.med.tb.utils.resources) GradCAM (class in bob.med.tb.utils.grad_cams)

H

has_checkpoint() (bob.med.tb.utils.checkpointer.Checkpointer method)

J

JSONDataset (class in bob.med.tb.data.dataset)

L

last_checkpoint() (bob.med.tb.utils.checkpointer.Checkpointer method) load() (bob.med.tb.utils.checkpointer.Checkpointer method) load_pil() (in module bob.med.tb.data.loader)

load_pil_baw() (in module bob.med.tb.data.loader) load_pil_rgb() (in module bob.med.tb.data.loader) LogisticRegression (class in bob.med.tb.models.logistic_regression)

M

make_dataset() (in module bob.med.tb.configs.datasets) make_delayed() (in module bob.med.tb.data.loader) make_subset() (in module bob.med.tb.configs.datasets) median (bob.med.tb.utils.measure.SmoothedValue property) module bob.med.tb.configs.datasets bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_0_rgb bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_1_rgb bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_2_rgb bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_3_rgb bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_4_rgb bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_5_rgb bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_6_rgb bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_7_rgb bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_8_rgb bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb.fold_9_rgb bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.hivtb_RS.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.indian.default bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_0_rgb bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_1_rgb bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_2_rgb bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_3_rgb bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_4_rgb bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_5_rgb bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_6_rgb bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_7_rgb bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_8_rgb bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.indian.fold_9_rgb bob.med.tb.configs.datasets.indian.rgb bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.default bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.indian_RS.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.default bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_0_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_1_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_2_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_3_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_4_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_5_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_6_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_7_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_8_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.fold_9_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch.rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.default bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_0_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_1_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_2_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_3_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_4_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_5_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_6_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_7_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_8_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.fold_9_rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in.rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_pc.default bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_pc.rgb bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_pc_RS.default bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.default bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_in_RS.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.default bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.mc_ch_RS.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.default bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_0_rgb bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_1_rgb bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_2_rgb bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_3_rgb bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_4_rgb bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_5_rgb bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_6_rgb bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_7_rgb bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_8_rgb bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.fold_9_rgb bob.med.tb.configs.datasets.montgomery.rgb bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.default bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.montgomery_RS.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.nih_cxr14_re.cardiomegaly_idiap bob.med.tb.configs.datasets.nih_cxr14_re.default bob.med.tb.configs.datasets.nih_cxr14_re.idiap bob.med.tb.configs.datasets.nih_cxr14_re_pc.idiap bob.med.tb.configs.datasets.padchest.cardiomegaly_idiap bob.med.tb.configs.datasets.padchest.idiap bob.med.tb.configs.datasets.padchest.no_tb_idiap bob.med.tb.configs.datasets.padchest.tb_idiap bob.med.tb.configs.datasets.padchest.tb_idiap_rgb bob.med.tb.configs.datasets.padchest_RS.tb_idiap bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.default bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_0_rgb bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_1_rgb bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_2_rgb bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_3_rgb bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_4_rgb bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_5_rgb bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_6_rgb bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_7_rgb bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_8_rgb bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.fold_9_rgb bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen.rgb bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.default bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.shenzhen_RS.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_0_rgb bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_1_rgb bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_2_rgb bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_3_rgb bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_4_rgb bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_5_rgb bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_6_rgb bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_7_rgb bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_8_rgb bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_9 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc.fold_9_rgb bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_0 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_1 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_2 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_3 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_4 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_5 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_6 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_7 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_8 bob.med.tb.configs.datasets.tbpoc_RS.fold_9 bob.med.tb.configs.models.alexnet bob.med.tb.configs.models.alexnet_pretrained bob.med.tb.configs.models.densenet bob.med.tb.configs.models.densenet_pretrained bob.med.tb.configs.models.logistic_regression bob.med.tb.configs.models.pasa bob.med.tb.configs.models.signs_to_tb bob.med.tb.configs.models_datasets.densenet_rs bob.med.tb.data.dataset bob.med.tb.data.hivtb bob.med.tb.data.hivtb_RS bob.med.tb.data.indian bob.med.tb.data.indian_RS bob.med.tb.data.loader bob.med.tb.data.montgomery bob.med.tb.data.montgomery_RS bob.med.tb.data.nih_cxr14_re bob.med.tb.data.padchest bob.med.tb.data.padchest_RS bob.med.tb.data.sample bob.med.tb.data.shenzhen bob.med.tb.data.shenzhen_RS bob.med.tb.data.tbpoc bob.med.tb.data.tbpoc_RS bob.med.tb.data.transforms bob.med.tb.data.utils bob.med.tb.engine bob.med.tb.engine.evaluator bob.med.tb.engine.predictor bob.med.tb.engine.trainer bob.med.tb.models bob.med.tb.models.alexnet bob.med.tb.models.densenet bob.med.tb.models.densenet_rs bob.med.tb.models.logistic_regression bob.med.tb.models.normalizer bob.med.tb.models.pasa bob.med.tb.models.signs_to_tb bob.med.tb.utils bob.med.tb.utils.checkpointer bob.med.tb.utils.grad_cams bob.med.tb.utils.measure bob.med.tb.utils.resources bob.med.tb.utils.summary

P

PASA (class in bob.med.tb.models.pasa)

posneg() (in module bob.med.tb.engine.evaluator)

R

random_permute() (bob.med.tb.data.utils.SampleListDataset method) RANDOM_ROTATION (in module bob.med.tb.configs.datasets) remove_hook() (bob.med.tb.utils.grad_cams.BaseWrapper method) RemoveBlackBorders (class in bob.med.tb.data.transforms)

run() (in module bob.med.tb.engine.evaluator) (in module bob.med.tb.engine.predictor) (in module bob.med.tb.engine.trainer) run_nvidia_smi() (in module bob.med.tb.utils.resources)

S

Sample (class in bob.med.tb.data.sample) sample_measures_for_threshold() (in module bob.med.tb.engine.evaluator) SampleListDataset (class in bob.med.tb.data.utils) samples() (bob.med.tb.data.dataset.CSVDataset method) save() (bob.med.tb.utils.checkpointer.Checkpointer method) set_mean_std() (bob.med.tb.models.normalizer.TorchVisionNormalizer method)

SignsToTB (class in bob.med.tb.models.signs_to_tb) SingleAutoLevel16to8 (class in bob.med.tb.data.transforms) SmoothedValue (class in bob.med.tb.utils.measure) subsets() (bob.med.tb.data.dataset.CSVDataset method) (bob.med.tb.data.dataset.JSONDataset method) summary() (in module bob.med.tb.utils.summary)

T

torch_evaluation() (in module bob.med.tb.engine.trainer) TorchVisionNormalizer (class in bob.med.tb.models.normalizer) training (bob.med.tb.models.alexnet.Alexnet attribute) (bob.med.tb.models.densenet.Densenet attribute) (bob.med.tb.models.densenet_rs.DensenetRS attribute) (bob.med.tb.models.logistic_regression.LogisticRegression attribute) (bob.med.tb.models.normalizer.TorchVisionNormalizer attribute) (bob.med.tb.models.pasa.PASA attribute) (bob.med.tb.models.signs_to_tb.SignsToTB attribute)

transforms (bob.med.tb.data.utils.SampleListDataset property) tricky_division() (in module bob.med.tb.utils.measure)

U

update() (bob.med.tb.utils.measure.SmoothedValue method)